El X-Men son un equipo élite de super mutantes reunidos por el Profesor X para proteger a la gente, incluso cuando son perseguidos por ellos. A raíz de la muerte de uno de los suyos, sin embargo, el equipo ha dejado de operaciones durante todo un año. A continuación, el Profesor X recibe la noticia de la desaparición de una misteriosa chica mutante en Japón. Presintiendo algo más grande está en marcha, se vuelve a montar el equipo y los envía a investigar. Descubren una conexión entre su desaparición y un grupo anti-mutante conocido como el U-Men...